免疫系统是一个极其复杂的系统，它可以看作是人体的“卫士”。免疫性不孕的原因简单的说就是免疫失衡，导致母体的不能耐受。胚胎对于母体来说相当于一个“外来侵略者”，然后产生名为“抗体”的武器去攻击“敌人”，因为人体本身有一个完整的防御系统，它会对外来的、不能识别的物质产生排斥，这就是免疫性不孕症产生的主要原因。

　　但免疫系统有时也会出现“罢工”现象或“识别错误”现象，比如对伴侣的精子或是女性自身的卵子发生异常识别，从而产生了排斥反应。这种排斥反应会使精子和卵子的活性和功能大大下降，使得精卵结合失败导致不孕不育的发生;或产生“瘦弱无力”的受精卵，无法稳定附着扎根在子宫的“土壤中”，造成流产。

　　这就是免疫因素造成的不孕不育，称为免疫性不孕，也可以简单理解为由于“过敏”导致了不孕。

　　人体还有很多其他的免疫性疾病，比如干燥综合症、甲状腺体能亢进、系统性红斑狼疮等，或一些自身抗体，也会针对胚胎产生排斥，这些免疫性疾病会有某种或多种抗体的升高，会攻击胚胎，可能导至不孕、生化妊娠、胚胎停育甚至胎死宫内。